شرکت جهاد دریا در بهمن ماه ۱۳۶۸ با هدف ساماندهی به نیروها و امکانات مستقر در واحدهای پشتیبانی مهندسی جنگ جهاد سازندگی بصورت خودگردان با ترکیب سهامداران متشکل از شرکت صید صنعتی ایران،‌ موسسه جهاد استقلال و شرکت بازرگانی شیلات پایه گذاری شد.

شرکت جهاد دریا از بدو تاسیس تا اوایل سال ۱۳۷۳ با استفاده از شناورهای استیجاری متعلق به وزارت جهاد سازندگی به ترابری و حمل و نقل دریایی اشتغال داشته است. در این فاصله ضمناً دو پروژه ساخت سرسره دریایی در جزیره قشم و ساخت سرسره و پهلوگیر شناورهای دریایی در جزیره تنب بزرگ را برای سپاه پاسداران اجرا نمود.

از ابتدای سال ۱۳۷۳ شرکت با استفاده از دو فروند لایروب کاتر ساکشن استیجاری از شرکت سهامی شیلات ایران نسبت به انجام چندین پروژه لایروبی در سواحل و جزایر جنوب کشور اقدام نمود.

از سال ۱۳۷۶ فعالیت اصلی شرکت بر روی ساخت اسکله و سازه‌های دریایی متمرکز گردید و از آن تاریخ تا کنون پروژه های متعددی برای کارفرمایان مختلف از جمله سازمان بنادر و دریانوردی،‌ معاونت ساخت و توسعه بنادر و فرودگاه های کشور در وزارت راه و ترابری، شرکت سهامی شیلات ایران، مناطق آزاد و سازمان‌های نظامی دریایی اجرا نموده است که هم اکنون نیز ادامه دارد.

از سال ۱۳۷۸ شرکت جهاد دریا شروع به خرید ماشین آلات جدید و اموال مورد نیاز برای انجام فعالیت های خود نمود که نقطه عطفی در فعالیت های شرکت تلقی می‌شود.

از زمان تاسیس تاکنون ترکیب سهامداران به دفعات تغییر یافته است. از جمله در سال ۱۳۸۱ شرکت صید صنعتی ایران سهام غالب ۷۰ درصد خود را به بخش خصوصی واگذار نمود. در اواخر سال ۱۳۹۱ نیز ۱۰ درصد سهام شرکت بازرگانی شیلات نیز به شرکت های بخش خصوصی واگذار شد.

تحولات اخیر سال ۱۳۹۱ منجر به تقویت کامل هویت خصوصی شرکت گردیده است و در این راستا یک سلسله تحولات ساختاری و تشکیلاتی آغاز گردیده است. هدف از این تحولات روانسازی فعالیت ها و فرآیندها، افزایش کارآمدی و چابکی سازمان می باشد از طرف دیگر گسترش فعالیت ها و افزایش گردش مالی شرکت بواسطه انجام پروژه های بزرگ و متنوع در دستور کار شرکت قرار گرفته است. ورود به حوزه های جدید فعالیت از جمله حوزه نفت و گاز و صنعت فراساحل نیز در برنامه کار شرکت قرار دارد.